Mewtwo est un Pokémon artificiel qui a été créé à partir de l'ADN de Mew.
Si l'on se rapporte aux journaux trouvés dans le Manoir Pokémon de Kanto, après avoir découvert le Pokémon mythique Mew et avoir récupéré un peu de son ADN, Mr.Fuji, scientifique à l'époque, s'en est servi dans son manoir pour créer Mewtwo, un clone modifié de Mew, dans le but de créer le Pokémon le plus puissant de tous les temps.
Il a été retenu captif et étudié dans le Manoir où les expériences de mutations génétiques l'ont rendu vicieux et extrêmement puissant.