Dr.Mario est un jeu de puzzle descendant dont l'objectif consiste à détruire des virus se trouvant à l'intérieur d'une bouteille, en utilisant des gélules médicales colorées envoyées automatiquement par Dr.Mario, à la manière du jeu Tetris.
Le joueur doit manipuler lesdites gelules pour que leurs couleurs et celle des virus s'alignent, les détruisant au passage, le joueur passant au niveau suivant une fois tous les virus détruits.